Mediconta esta compuesto de varios módulos: el módulo básico que es necesario si desea tener Mediconta en un ordenador, y otros módulos opcionales que serán necesarios según sus necesidades:

Módulo Básico (obligatorio) : Módulo necesario para cada ordenador en el que desea tener Mediconta. Incluye gestión de pacientes, historias médicas, informes, plantillas, visitas médicas, facturación a mútuas, pago a profesionales, agenda, herramientas, copias de seguridad, etc.

Módulo de Contabilidad (opcional) : permite generar asientos automáticamente, generar cuentas contables, etc. Tiene además las siguientes funcionalidades:
- Generación de fichero de domiciliaciones de adeudos según AEB (cuaderno 19).
- Carga de fichero de devoluciones de adeudos según AEB (cuaderno 19).
- Cuentas contables: Se le permite la creación manual de las cuentas contables que se deseen.
- Facturas emitidas y recibidas: permite generar facturas a los clientes y de los proveedores.
- Clientes: permite generar clientes y su cuenta contable asociada se generará automáticamente.
- Proveedores: permite generar los proveedores que generarán las facturas.
- Diario: se pueden consultar los asientos generados, modificarlos, crear nuevos asientos, etc.
- Cierre ejercicio: permite realizar el cierre de años contables así como deshacer el cierre.
- Listado de extractos(Mayor).
- Balances: de perdidas y ganancias, de situación (activo y pasivo) y de sumas y saldos.
- Listado de facturas, resúmenes de IVA/IRPF, listado facturas en formato EDS.
- Modelos: modelo 130, modelo 300, modelo 347, modelo 390.
- Adaptado al nuevo Plan General de Contabilidad 2008.
- Cumple Normas Internacionales de Contabilidad (NIC).
- Cumple Normas Internacionales de Información Financiera (NIIF).

Módulo Multiempresa (opcional) : Cuando se desea mantener diferentes datos fiscales, contabilidad separada, y acceder desde el mismo ordenador, será necesaria la creación de varias empresas. Para ello necesitará esta opción.